L'objectif de la SCS est de favoriser la connaissance des cétacés pour favoriser leur protection. La SCS poursuit ce but par le soutien à la recherche scientifique, dont principalement la logistique en mer pour l’étude scientifique des cétacés, la vulgarisation et la diffusion de l'information scientifique, l'accès à la formation spécialisée, ainsi que par la sensibilisation à l'écologie marine.